仓鼠区分性别的方法和大多数的动物一样，观察仓鼠外生殖器和肛门之间有没有睾丸就可以了，有睾丸的就是公仓鼠，没有睾丸的就是母仓鼠。

如果是20天以内的仓鼠也可以观察外阴部与肛门的距离，距离近的是母仓鼠，距离远的是公仓鼠。另外成年公仓鼠的体型基本上都会比母仓鼠大一些，母仓鼠的乳头会更加明显一些。