农村合作医疗的住院报销比例：村卫生室及村中心卫生室就诊的可报销60%，每次就诊处方药费的报销限额为10元；镇卫生院的报销比例为40%；二级医院的比例为30%；而三级医院的报销比例为20%等。法律依据：农村合作医疗的住院报销比例：村卫生室及村中心卫生室就诊的可报销60%，每次就诊处方药费的报销限额为10元；镇卫生院的报销比例为40%；二级医院的比例为30%；而三级医院的报销比例为20%等