如果知豆d2的电机控制器损坏，大电池还是会给小电池充电。因为电池之间是通过电池管理系统进行控制和管理的，电机控制器只是控制电机的转动。当电机控制器损坏时，电池之间的充电和放电功能并不会受到影响。因此，即使电机控制器出现故障，依然需要定期检查和维护电池，确保其正常工作。