在《繁花》这部作品中，爷叔入狱的原因是他倒卖香烟。这一行为在当时是违法的，他利用自己在东北香烟市场上的地位优势，从上海收购低价香烟，通过各种渠道倒卖出去，以此牟取暴利。这一非法交易给上海的香烟业带来了巨大损失。他的行为被他的侄女，即汪小姐的师父金科长偶然发现，金科长作为一名忠诚的公务员，选择了向有关部门举报。最终，爷叔因此入狱。

值得注意的是，爷叔倒卖香烟并非完全出于个人私利。他实际上是为了帮助两位已经和他离婚的妻子筹集去东北的路费。尽管这两位妻子已经和他离婚，但他们之间仍然保持着深厚的情感纽带。爷叔的这种行为体现了他对情义的坚守，但也让他付出了惨痛的代价。

总的来说，爷叔入狱是一个复杂的过程，涉及到家庭、社会和个人等多个方面。他的入狱不仅是对他个人行为的惩罚，也反映出了当时社会的复杂性和人性的多面性。