水井里蝙蝠筑巢是否还能使用，需要考虑多个因素。首先，需要了解蝙蝠的种类和它们的生活习性。有些蝙蝠喜欢在洞穴或缝隙中筑巢，而有些蝙蝠则选择在建筑物内部或附近筑巢。如果水井周围的环境适合蝙蝠生存和繁殖，那么它们可能会选择在那里筑巢。

然而，如果水井里的蝙蝠巢对人类的健康和安全造成了威胁，比如水源污染或者卫生问题，那么就需要采取措施来解决这个问题。可以请专业的灭鼠公司或者动物保护组织来处理这个问题，以确保既能保护人类的健康和安全，又能保护蝙蝠的生存和繁殖。

总之，如果水井里出现了蝙蝠巢，可以先观察周围的环境和蝙蝠的种类，如果没有对人类造成威胁，可以保持观察和尊重蝙蝠的生存空间；如果对人类造成了威胁，就需要采取适当的措施来解决这个问题。