货车没盖好篷布罚款5000元的合理性需要视具体情况而定。

首先，要明确的是，货车在运输过程中必须遵守相关的交通法规和规定，包括货物装载、篷布遮盖等方面。如果货车没有盖好篷布，可能会导致货物散落、扬尘、污染环境等问题，这不仅会影响交通安全，还可能对周围环境和居民造成不良影响。

因此，对于货车没盖好篷布的行为，相关部门有权进行处罚。但是，罚款金额是否合理，需要根据具体情况进行评估。如果货车只是轻微地没有盖好篷布，且没有造成任何实际危害和损失，那么罚款金额可能会过高，不太合理。相反，如果货车严重违反规定，导致货物散落、污染环境等问题，那么罚款金额可能会偏低，不足以起到警示和惩罚作用。

此外，罚款金额是否合理还需要考虑当地的经济水平、处罚标准等因素。不同地区对于同一违法行为的罚款金额可能会有所不同，因此需要根据当地的规定和标准进行判断。

综上所述，货车没盖好篷布罚款5000元是否合理，需要根据具体情况进行评估。如果货车违反了相关规定，且罚款金额符合当地标准和实际情况，那么罚款是合理的。但如果罚款金额过高或过低，或者没有造成实际危害和损失，那么罚款可能就不太合理。