南京中医药大学是一本大学。

原因为：在仍实行本科一批、本科二批招生的非新高考省份，南京中医药大学在全国13个省份的一本批次招生，南京中医药大学在全国0个省份的二本批次招生。凭此可以判断，南京中医药大学是一本大学，不是二本大学。