自动取款机一般不能存50元的纸币是因为银行对取款机存款渠道进行了限制，规定了可以存入的纸币面额范围，一般只能存入100元（或更高面额）的纸币。这是因为，如果取款机接收50元以下面额的纸币，它们在高流量的情况下可能会迅速被耗尽，导致取款机无法继续为客户提供服务。

同时，较低面额的纸币也会增加取款机内部的维护和管理成本。取款机需要更频繁地添加纸币，增加在取款机内放置现金的次数，以及清点和储存现金的工作量，这对银行来说是不划算的。

因此，银行通常会限制取款机支持的纸币面额范围，以优化取款机的升级和管理，并保持高效的运行。