医保卡去药店和门诊拿药主要有下列区别：

1、一些常见用药，药店方便，想买多少就可买多少。如果到医院，还得挂号，如果买的小药很便宜，加上挂号费就相对贵多了。如果想多开些药，医院有规定开不了。

2、有些目标药，医院可以开到，但是到药店很多情况下买不到。

基于上，要根据自身的情况选择到哪去开药。如果对自身病的情况把不准，还是到医院大夫检查，由大夫开药为好。