巨头苗子区分公母的方法主要基于其生理特征。通常，公巨头麝香龟的尾巴较长，而母巨头麝香龟的尾巴则相对较短且细。这一特征在小龟体重达到60克以上时变得较为明显。另外，泄殖腔距离腹甲后端的距离也可以作为区分公母的一个参考指标，但这个特征需要一定的专业知识和经验才能准确判断。

以上信息仅供参考，如需更准确的区分方法，建议咨询养龟专家或查阅相关书籍资料。同时，请注意在区分公母时保持对动物的尊重，避免对其造成不必要的伤害。