光线进入玻璃和水的区别主要在于折射现象的不同。当光线从空气进入玻璃时，由于玻璃的折射率大于空气，光线会偏向玻璃的法线方向。

而当光线从空气进入水时，由于水的折射率也大于空气，但接近玻璃的折射率，光线同样会偏向法线方向，但折射角度会有所不同。因此，光线在进入玻璃和水时，折射现象会有所差异，导致光线的传播路径和方向发生变化。