外地乡镇卫生院住院费用可以在当地的医保局进行报销。在住院期间，需要携带自己的医保卡和身份证原件，将住院期间的费用明细单据保存好，出院时向医院索取住院发票。

回到本地后，将住院期间的费用明细单据和住院发票一起提交到当地医保局进行报销即可。注意，不同地区的医保政策有所不同，具体操作流程需要根据当地医保政策进行操作。