会影响支付宝因为淘宝店铺和支付宝账户是相关联的，如果淘宝店铺未缴纳保证金，会导致该店铺无法正常经营，进而影响到支付宝账户的资产安全和交易流程。

此外，淘宝店铺在交易时需要使用支付宝平台进行支付结算，若未缴纳保证金，可能会受到平台限制甚至永久封禁。

所以，为了保证淘宝店铺和支付宝账户的正常运营，必须按照规定缴纳保证金。

同时，在使用淘宝和支付宝进行交易时，也要注意账户和店铺的安全，避免受到不必要的损失。