凌晨两声巨响的可能原因有多种。根据我所掌握的知识，我无法确定具体的巨响原因，但可以提供一些可能的解释和类似的案例。

一种可能的解释是音爆。音爆，也被称为声爆或声轰，当物体（如飞机）运动速度超过声速时，会产生巨大的声响。这是因为物体超越声速时，其表面会产生压缩波，当这些压缩波的能量传递到地面时，就会产生巨大的声响。音爆是一种常见现象，例如公园里甩鞭子时所产生的啪啪声，就是鞭子运动速度超过声速时形成的音爆。

另一个可能的解释是物体坠落或爆炸。例如，恩施市芭蕉乡上空的两声巨响被确认为是我国第二代极轨气象卫星“风云三号”D星脱落的整流罩掉落在地面。类似的情况还可能发生在其他物体（如火箭残骸、陨石等）坠落或爆炸时。

总的来说，凌晨两声巨响的具体原因需要根据具体情况进行分析和判断。如果类似的巨响事件再次发生，建议及时关注官方发布的信息，以便了解事件的真实情况和原因。同时，也需要注意保持冷静，不要轻信和传播未经证实的信息。