医保在药店购买药品时分开刷的原因是为了确保医保支付的药品符合规定的医保范围和限额。医保系统需要对药品进行审核和核算，以确保药品的合理使用和医保资金的有效管理。分开刷卡可以使医保系统更准确地记录每种药品的费用，并避免潜在的欺诈行为。此外，分开刷卡还可以方便药店和患者核对药品的价格和医保报销情况，确保交易的透明和公正。因此，分开刷卡是为了保障医保制度的公平性和可持续性。