灵活就业本月缴费重复，可以采取以下方式处理：

将基数合并计算 。如果同一地区同一个月重复缴费，社保部门一般会采取将基数合并计算的方式，来计算缴费期限。

清退重复时段个人缴费部分 。如果是因为在不同统筹地区重复缴费，退休后另一个账户的个人缴费部分会退还本人。在跨地区同一险种重复参保的情况下，需要将两地的社保合并转移操作，遵循先转移、后合并退费的原则。