腐植酸钠在水产养殖副作用是导致水体变黑，破坏水中的藻相。从而使藻类和菌类无法生长繁殖，造成池塘内的溶氧下降，导致池内的动物无法吸入到足够的氧气，并且还会阻碍其生长。