工程开票是按结算金额开票的，因为结算金额是双方共同协商后确定的合同金额，包括材料、人工、机械费用、税费等，也是最终支付的金额。

开具工程发票需要注明开票金额和含税金额，开票金额和结算金额应该一致，以达到合同约定的目的。同时，开票金额的准确性对于税务的处理和企业的财务管理也至关重要。