1.主体不同。三方协议书的主体是毕业生、用人单位和学校。而劳动合同只有劳动者和用人单位两个主体。

2.依据不同。三方协议书依据的是教育部颁发的部门规章，劳动合同依据的是《劳动法》和《民法典》。

3.内容差异。三方协议书可规定毕业生自身情况、就业意向、用人单位同意接收、学校派遣等，而在劳动合同中，依法必须明确劳动合同期限、工作内容等必备条款。

4.签订时期不同。三方协议诉一般在学生毕业前签订，正式签订劳动合同只有等到毕业后方可。

5.效力不同。三方协议书只是毕业生在“择业”过程中签订的协议，其效力始于签订之日，终于毕业生与用人单位签订劳动合同之时。劳动合同的有效期，是劳动者与用人单位以合同方式确定的，除法律规定的情形外，双方不得随意变更、中止。