碧玉的颜色深浅不一是由于其化学成分和晶体结构的不同造成的。它由多种矿物质组成，其中主要成分是翡翠石，它的颜色可能受到铁、钒、铬、锰等元素的影响。

此外，来自不同地区的碧玉也会有不同颜色，比如，缅甸的碧玉颜色比较深沉，中国的碧玉偏向于青绿色。

同时，晶体结构也会影响颜色的深浅，晶体结构越完整和均匀的碧玉颜色越均匀，反之则颜色会呈现出深浅不一的情况。