据传说，鱼骨酒是在古代日本发明的。当时人们发现鱼骨在酿造酒的过程中有一定的用途，即可以增强酒的营养成分。

然而，鱼骨在酒中直接使用不仅会影响口感，还会妨碍酒的发酵过程。

因此，人们开始将鱼骨烤熟或滚烫，然后加入到酒中进行浸泡，使其中的营养成分溶解出来，最终形成了鱼骨酒。随着时间的推移，鱼骨酒的配方经过改良，成为今天人们所熟知的一种健康养生饮品。