收到对方单位来的函件后，根据函件的性质和内容，您可能需要进行以下几步操作：
1. **阅读理解**：首先仔细阅读函件，理解对方的意图、要求或者问题。
2. **内部流转**：如果函件需要内部讨论或者多个部门协调，可以将函件转交给相关人员或者部门。
3. **归档保存**：对于重要的函件，应当归保存，以备将来查询。
4. **回复期限**：注意函件中是否提到了回复的期限。如果有期限要求，应在规定时间内回复。
5. **准备回复**：根据函件的内容准备回复。回复可能包括确认、感谢、答复请求、提出问题或者建议等。
6. **审核审批**：在发送之前，草稿应当经过相关领导的审核和审批。
7. **发送函件**：通过合适的渠道发送回复函件。如果是正式的函件，可能需要使用公文处理系统，确保函件格式和印章等符合规定。
8. **跟踪落实**：发送函件后，应当跟踪对方的回复情况，确保沟通的有效性。
在回复函件时，要注意以下几点：
- **礼貌规范**：无论是口头回复还是书面回复，都保持礼貌和规范。
- **明确清晰**：回复内容要明确、清晰，避免产生歧义。
- **简洁有力**：尽可能简洁明了地表达自己的观点和意图。
- **完整全面**：确保回复内容涵盖了对方函件中的所有要点。
- **留有记录**：无论是口头还是书面的回复，都应有记录，以备后续的跟踪和查证。