最佳旅游时间是秋季。

因为清远连南千年瑶寨位于南岭山脉之内，气候温和湿润，四季分明。

春季有鲜花盛开，夏季气温高，虽然风景依旧，但是不太适合游览。

秋季气温适宜，空气清新，秋色迷人，是游览瑶寨的最佳季节。

而冬季气温较低，存在雾霾等不利的自然环境，会影响游览的舒适性。

值得一提的是，如果您喜欢观赏水果，那么瑶寨的水果季节是从6月至8月，这段时间到瑶寨可以品尝到各种新鲜的水果，不过游览的体验可能会有影响。

因此，总体而言，选择秋季是最佳的旅游时间。