明末清初时期的思想，尽管受到了儒学的影响，但并不完全局限于儒学范畴。这一时期的思想环境非常复杂，儒学、道教、佛教以及一些新兴思想诸如理学等都有一定影响。

然而，儒学在这一时期仍然是中国的主流思想体系，并且影响深远。在明朝末期和清初，儒学思想在政治、社会、文化等方面发挥着重要作用，成为社会秩序和道德规范的主要依据。

尤其是在明末清初，由于明朝末年的政治动荡和社会变革，儒学思想更加突出地扮演着维护社会稳定、传承传统文化的角色。清初康熙、雍正时期，儒学得到进一步的弘扬和发展，形成了康雍盛世的文化风貌。

因此，虽然明末清初时期的思想涌现出多元化和复杂化的现象，但总体上仍然以儒学为主导，并且儒学的核心价值观在当时的社会中具有重要的影响力。