综合所得个人所得税的计算方式为：综合所得应纳税额=(收入额-6万元-专项扣除-专项附加扣除-其他扣除)*税率-速算扣除数1。其中，综合所得包含工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费所得2。具体计算公式为：应退或应补税额=[(综合所得收入额-60000元-“三险一金”等专项扣除-子女教育等专项附加扣除-依法确定的其他扣除-符合条件的公益慈善事业捐赠)×适用税率-速算扣除数]-已预缴税额3。个人所得税税率根据综合所得和经营所得分别适用不同的超额累进税率4。