要查询舟山运输企业安全员证，可以采取以下几种方式：

官方网站查询：可以登录舟山市交通运输局或者舟山市应急管理局的官方网站，查找相关的证书查询入口，输入相应的证件号码和信息进行查询。

电话咨询：可以直接拨打舟山市交通运输局或者舟山市应急管理局的咨询电话，询问有关安全员证书查询的具体事宜。

现场查询：如果条件允许，也可以前往舟山市交通运输局或者舟山市应急管理局的办公地点，进行现场查询。

无论采取哪种方式，都需要注意提供准确的证件号码和个人信息，以便相关部门能够准确查询到您的安全员证书信息。同时，也需要注意保护个人隐私和信息安全，避免泄露个人信息。