麦田除菌的方法如下：

中耕除草 。在麦苗生长的前期使用，增强土壤的通透性，促进养分的吸收以及减少养分的消耗。

人工拔草 。小麦后期除草的一种方法，因为这时的小麦基本上接近成熟，用其他方式除草会影响小麦的产量和质量。

农药除草 。在小麦生长的中期使用，可以将田间的杂草除尽，使田间的养分能完全被麦苗吸收和利用，从而提高小麦的产量，且不会对小麦的质量产生危害。

麦田除菌的注意事项：

人工拔草最好选在雨天。

中耕除草最好选在晴天的中午。

农药除草最好选在阴天的早上或中午进行，同时选择农药时要选择合适的药剂。