太空育种既可能是杂交，也可能是转基因。杂交通过人工控制不同基因型的种子和植物杂交，使其具备更优良的属性。

转基因则是通过人工将外源基因导入到种子或植物体内，达到改良其某些特性的目的。太空育种的方法取决于育种目的及所需特性，不同种类的作物可能需要不同的育种方法。