上海市少儿住院互助基金和居民医保零星报销是两种不同的医疗保障制度，它们的资金来源和管理方式也不同，因此到账方式也不同。

上海市少儿住院互助基金是由上海市民政局管理的一项公益性基金，旨在为0-18岁的上海户籍少儿提供住院医疗费用的互助保障。该基金的资金来源主要是来自于社会捐赠和政府财政拨款。当少儿住院时，医院会向基金申请报销，基金会将报销款项直接打入医院账户，减轻家庭经济负担。

居民医保零星报销是指在居民医疗保险范围内，个人在就诊时支付了部分医疗费用后，可以向社区卫生服务中心申请报销。报销款项会直接打入个人银行卡账户中。

因此，上海市少儿住院互助基金和居民医保零星报销是分别到账的。