上海中企峰能动力科技有限公司收取企业员工办理退休手续的服务费1000元，可能是因为办理退休手续需要时间、精力和经验，公司需要支付员工的工资和相关费用，同时还需要支付政府的相关税费，因此收取一定的服务费用是合理的。

此外，公司还可能提供一些增值服务，如咨询、代理等，因此服务费用也包含了这些服务的成本。不过，具体费用是否合理还需要结合市场行情、服务质量等因素进行综合考量。