特殊食品生产企业的包保工作由政府部门负责，这些部门包括：

国家食品药品监督管理总局：负责制定相关食品安全法规，监督食品安全质量，确保特殊食品安全可靠。

卫生行政部门：参与制定食品安全标准，并督促企业执行。

食品安全技术监督机构：负责定期对企业进行监督检查，以保障特殊食品的安全和质量。