垣曲县境内主要的河流是垣曲河，它是汾河的一条支流。具体来说，垣曲河从西北向东南流经垣曲县境，属于汾河水系的一部分，也是该县重要的灌溉水源之一。

此外，垣曲县还有一些小的河流和溪流，如张家河、李家沟、朱家河等，这些河流和溪流都是垣曲县生态资源的重要组成部分，也为当地的水资源开发提供了一定的条件。