正常情况下，在东南亚滞留超过三个月是不能办理护照的。

1. 根据中国和东南亚国家签署的协议，超过三个月视为非法居留，因此不能获得法律保障，包括护照办理。

2. 有一些特殊情况的人，可以向中国大使馆申请临时护照。

这类人包括紧急医疗救治或其他非自愿原因导致滞留时间超过3个月，需要回国解决事情的人等。

3. 需要提醒的是，滞留时间过长会导致不必要的麻烦和风险，建议在签证有效期内合理规划行程，避免滞留超过三个月。