澳门耐克工厂店与专卖店的主要区别在于商品种类、购物体验及价格策略上。工厂店通常销售过季或旧款商品，折扣力度大，但货品种类相对较少。而专卖店则拥有更多商品种类和数量，包括当季新品、限量版和特别定制商品，同时提供试穿、搭配、礼品包装等个性化服务。

购物环境方面，工厂店虽然较小但舒适，专卖店则更加豪华和专业。因此，消费者可以根据自己的需求和预算选择适合的店铺进行购物。