新农合大病二次报销的金额取决于费用总支出情况，一般来说，报销上限为经审核认可的实际费用总支出额的90%，报销下限为5000元。如果实际费用总支出额低于5000元，则报销金额为实际费用总支出额。如果实际费用总支出超过5000元，则报销金额为实际费用总支出额的90%。