巴奴三味锅和五味锅的主要区别在于它们的口味和成分。

巴奴三味锅是巴奴火锅原创的一种火锅形式，主要包括三种口味的锅底：辣汤、养身汤和珍菌汤。辣汤由几十种精选原料进行标准化生产，具有汤红油亮、辣而不燥、味正醇厚的特点；养身汤则是由多种中药材和新鲜猪胴骨精心熬制而成，具有滋补营养、鲜香、养身健体的功效；珍菌汤则是以云南野生菌为主要材料熬制而成，味道鲜香，具有天然营养、强身健体和美容美颜的效果。

而五味锅则是另一种火锅形式，全名叫作辣有道五味锅。这种火锅有麻、辣、酱、鲜、香五种口味，是一种包容性非常强的火锅，可以满足不同顾客的口味需求。五味锅的来源还有一段历史故事，当年蒋介石在重庆时，由于国内战事忧心忡忡，茶饭不思，他的私人厨师为他做了一道地道的重庆菜麻辣香锅，但由于蒋是浙江人，不能吃辣，所以对这道菜也没有吃太多。厨师回家后对这道菜进行了改良，加入新的食材进行反复研究，最终研究出了五味锅。

总的来说，巴奴三味锅和五味锅各有特色，巴奴三味锅注重的是口味的丰富和养生的功效，而五味锅则更注重口味的包容性和历史文化的传承。