若两栋楼中间下沉不一样，在进行防水时需考虑防水层的承受能力，选择合适的材料及方案进行施工。

首先，需要查明下沉情况，根据不同情况选择使用弹性合理的材料，如聚氨酯、丙烯酸酯等材料，制作弹性防水层以适应楼体下沉造成的变形。

其次，需按照防渗技术要求，施工进行压实、密实、实心的处理，增加防水层的密实度和耐压性，达到防渗、防漏的效果。

最后，在施工中要严格按照设计施工，对防水层进行检测和验收，确保防水层质量达标。