高层违建先下停工自整改，到最后下立案查处是否会留案底，视情况而定。如果立案后，公安机关不认为是犯罪并撤销案件，或者检查机关作出不起诉决定将案件撤销，或法院宣告无罪，那么行为人将不会有犯罪记录。只有经过法院判决被认定为有罪，才会留下案底。任何违法犯罪行为都不会记录到个人的学籍档案或人事档案中，只会记录到公安机关的违法犯罪系统中。