根据基础思想，社保缴费年限对退休年限是有影响的。因此，厦门职工社保中间交了几个月灵活社保会影响退休年限。

具体来说，社保缴费年限会影响退休金数额，缴费年限越长，退休金数额越高，而中间交了几个月灵活社保会影响缴费年限，从而影响退休金数额。因此，如果中间交了几个月灵活社保，将影响退休年限和退休金数额。

综上所述，社保缴费年限对退休年限是有影响的，中间交了几个月灵活社保会影响退休年限和退休金数额。