迟到扣除奖金不能算是警告，但是它可以作为工作纪律的一种表现方式。在职场中，都应该遵循一定的工作纪律，包括准时出勤。如果一个员工经常迟到，无疑是影响了整个工作团队的效率和积极性。

因此，扣除部分奖金可以作为提醒和警示，让员工重视工作纪律和准时出勤的重要性，而这也是公司对员工的一个管理和考核方式。

同时，公司也应该根据实际情况，给予不同的惩罚和奖励，达到激励员工、提高团队效率的目的。