当乙方对甲方合同有异议并希望提出修改时，首先应与甲方进行及时、充分的沟通，明确表达自身的关切和修改建议。可以通过书面或口头形式，具体阐述异议的内容和修改理由。

为确保双方的权益，建议将沟通结果整理成书面文件，如修改协议或备忘录，并请双方代表签字确认。在修改过程中，乙方应保持开放和灵活的态度，寻求双方的共赢解决方案。