一般来说，猫咪做完绝育手术后，最好将其放在笼子里，而不是航空箱中。这是因为航空箱通常用于运输物品，而笼子则更适合放置需要隔离和休息的动物。

将猫咪放在笼子里可以帮助它们恢复手术后的伤口，并保持它们的健康。此外，笼子还可以防止猫咪在运输过程中受到惊吓和压力，从而减少手术后的并发症。

当然，每只猫咪的情况都不同，因此具体的决定应该根据猫咪的病情、手术方式和需要进行考虑。如果猫咪需要隔离和休息，那么将其放在笼子中可能是一个更好的选择。但是，如果猫咪已经完成了手术，并且需要进行运输，那么将其放在航空箱中可能是更加合适的选择。总之，为了保证猫咪的健康和安全，我们应该选择最适合它们的运输方式和容器。