如果母牛在接种羊痘疫苗后流产，应立即联系兽医，进行检查和诊断。可能的原因可能包括：

1. 疫苗不合适，可能会引起怀孕母牛身体的过度反应；

2. 处理不当。在给母牛接种羊痘疫苗之前，应仔细检查其健康状况，确保其不处于怀孕或其他特定的生理状态，以避免不必要的风险；

3. 母牛本身的健康状况可能影响了接种结果。

一旦诊断确定，兽医将可能建议进行一些治疗措施，以帮助恢复流产的母牛的健康。此外，应采取措施预防类似的意外再次发生。