新疆航空有限公司是经国家注册一家航空公司，登记机关为新疆维吾尔自治区工商行政管理局是民航总局直属航空运输企业，公司总部在新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市，主运营基地设在乌鲁木齐地窝堡国际机场，同时管理新疆区内11个机场和航站，在江苏常州机场开设基地。