常温奶和低温奶的营养价值相差不大，但相比较来说，低温奶的营养价值更高一些。两者都是牛奶加工制成，但制作工艺却不相同，低温奶是经过巴氏灭菌法制成，常温奶是经过超高温瞬间杀菌法制成。
低温奶是采用较低的温度杀菌，杀灭了有害菌群，保留了生牛乳中大部分的营养物质和原有的口感。而常温奶是经过了超高温灭菌，不仅杀灭了有害菌群，也损坏了部分营养物质。低温奶保留了生牛乳的天然活性物质和酶的活性，对蛋白质和维生素的保留也高于常温奶，并且低温奶的微量元素也不会受损，容易被人体吸收。相比较而言低温奶的营养价值更高一些，较大程度地保留了牛奶的营养价值和口感，但因制作工艺影响，需要低温保存，运输过程中需要冷链运输，并且保质期较短。常温奶的制作工艺灭菌效果强，不易滋生细菌，保存方式和运输要求低，保质期长。