个体户零申报流程包括登录国家税务总局网站办税服务厅，选择“办税服务”，点击“零申报”，填写税款所属期信息，选择“新增报表”，填报“逐笔明细表”，核对无误后提交申报，等待税务系统审核，如无误即可完成申报手续。