山大附中万柏林校区和晋源校区主要在以下几个方面存在区别：

地理位置：万柏林校区位于万柏林区小井峪街道九院沙河以南、西苑南路以东、原太原煤气化厂区以西地块，而晋源校区则位于山西省太原市晋源区。

规模与设施：万柏林校区占地面积约75亩，总建筑面积约5万平方米，包括地上面积约为43000平方米和地下面积约为7000平方米。该校区由中铁、华侨城、华润、万达四家企业共同出资建设，预计设置初中、高中班级共54个，并规划建设教学楼、实验室、室外活动平台、田径场及艺术中心等。晋源校区则是一所公办寄宿制中学，项目总建筑面积为79335.92平方米，其中地上建筑面积为69666.10平方米。

建设背景与投资：万柏林校区作为直管校区，建成后土地连同地上资产将归属山西大学附属中学，与主校实现一体化发展，优享强大的师资团队与优异的办学资源。晋源校区则由太原市晋源区政府按照办学标准投资建设并完成设备配套，山西大学附属中学负责选派校长及管理团队运营管理。

总的来说，山大附中万柏林校区和晋源校区在地理位置、规模与设施以及建设背景与投资等方面均有所不同。这些区别反映了两个校区在建设和运营过程中的不同特点和优势。如需更详细的信息，建议直接联系学校或访问学校官方网站。