金蝶k3wise总账库存商品跟仓库库存商品不一样的原因有：

物料上的存货科目设置错误，导致生成的凭证未进入对应科目。

已审核的库存单据没有生成凭证。

总账中手工增加了凭证，没有对应的业务单据。

在总账中手动修改了业务单据生成的凭证。

凭证模板科目来源不对。

记入物料成本的采购费用没有在凭证模板中体现。