办法》转变了资金使用方向和分配方式。依托中央专项资金整合，将原中央农田水利设施建设和水土保持补助、江河湖库水系综合整治、山洪灾害防治及省级水利发展资金四项专项资金统一整合为甘肃省水利发展资金，明确支出方向转变为农田水利建设及设施维修养护、地下水超采区综合治理及中央和省委省政府决策部署确定的试点项目或其他需要支持的项目等11个方面。

确定县级可在水利发展资金中列支不超过5%的勘测设计、工程监理、工程招标、工程验收等经费，省级和市(州)不得在水利发展资金中提取该项费用。