个人自建厂房不动产登记是指依法利用国有土地建造房屋后，向不动产登记机构申请办理的不动产登记。

在申请不动产登记时，申请人需要提交以下资料：

不动产权属来源证明材料；

《不动产登记申请表》；

土地出让金、契税等费用缴纳票据；

房地产界址、空间界限和面积等材料；

费用缴纳票据。

在办理过程中，申请人需要按照相关规定缴纳登记费用，并接受不动产权籍调查和审核等程序。最终，不动产登记机构将登记事项记载于登记簿上，并核发不动产权证书。

需要注意的是，对于自建厂房的不动产登记，申请人还需要符合土地利用总体规划的要求，并办理出让手续。同时，在申请过程中还需要遵守相关法律法规和规定。